西北航空公司驻西雅图的经理艾尔·李穿着休闲装靠近飞机，向乘务员穆克罗递送了装满现金的背包和降落伞。此后，库珀允许所有乘客、乘务员夏弗纳和爱丽丝·汉考克下机。
人间蒸发
在给飞机加油时，库珀向机组人员描述了他的飞行计划，与机组人员讨论了各种可能，最后同意在内华达州里诺市再次加油。
美国联邦航空局的一名官员要求与库珀交流，遭到拒绝。
19点40分左右，波音727载着库珀、飞行员斯科特、乘务员穆克罗、副驾驶拉塔扎克和飞行工程师安德逊再次起飞。同时，两架战斗机从机场附近的麦克库尔德空军基地起飞，紧随其后。
起飞后，库珀让穆克罗进入驾驶舱，关闭舱门。十几分钟后，驾驶舱亮起一盏报警信号灯，接着，机组人员注意到气压有明显变化，飞机后部的舱门被打开。
飞机在里诺机场着陆后，警方对飞机进行搜查后确认，库珀已经逃走。
此后，一个经验不足的媒体记者急于发稿，把劫机者的化名“丹·库珀”与被排除嫌疑的俄勒冈州男子的名字“D.B.库珀”混淆了，“D.B.库珀”这个名字从此给美国人留下了深刻印象。
令人感到不可思议的是，两架战斗机的飞行员没有看到有任何东西从客机上掉出来，也没看到有降落伞撑开。雷达上也没有任何提示。
随后，FBI展开了美国历史上搜索范围最广的搜索行动，没有发现任何线索。
谜团一个接一个
1971年年底，FBI向金融机构、赌场、赛马场和其他进行现金交易的商业机构公布了那些作为赎金的钞票的序号。1972年年初，美国司法部长约翰·米切尔将这些序号向大众公布。
1972年，两名男子使用印有赎金序号的20元假钞，骗走了美国《新闻周刊》记者卡尔·弗莱明3万美元。
1980年2月，8岁男孩布莱恩·英格拉姆与家人在俄勒冈和华盛顿两州的天然边界哥伦比亚河附近度假。布莱恩在沙地里挖沙子时发现了3捆钞票。钞票已经碎裂，仍然用橡皮筋绑着。
FBI确认这是赎金的一部分，其中两捆有100张钞票，另一捆有90张。
有学者认为，，这些钞票碎裂，是顺着河流漂浮，被水冲击所致。但其中一捆为何少了10张？为什么这3捆钞票会和其他赎金分离？橡皮筋为何没被水泡烂？
吸引了一批狂热粉丝
库珀并不是第一个劫机者，但他“做了坏事而未受惩罚”启发了一批模仿者。1972年美国发生了多起未遂的劫机事件。
特工们推测，劫机者的化名“丹·库珀”源自20世纪70年代畅销的比利时漫画书。该漫画的主人公是加拿大皇家空军试飞员、虚构的网页版经典传奇·库珀，他进行了无数次英勇的冒险，包括跳伞。
FBI认为，库珀是一个小心翼翼、精明的罪犯。他要求提供4个降落伞，让人以为他可能强迫人质和他一起跳伞，这样就能确保警方不会给他损坏了的降落伞。赎金的数量与形式似乎被仔细斟酌过：50元或100元的钞票容易引起注意，大量20美元的钞票比较重，有利于跳伞。
库珀显然对波音727飞机非常熟悉。然而，FBI认为，库珀缺乏跳伞技巧和经验。“我们起初认为他是个老道的跳伞员，甚至可能是个伞兵，”特工凯尔表示，“可是，有经验的伞兵不会穿着休闲鞋和一件军用防水短上衣，在一个漆黑的雨夜跳伞。这真是太冒险了。”
库珀的劫机标志着无安检航空时代的终结。尼克松总统启动了空中便衣警察项目，将一些便衣特工派到一些航班上。1973年初，美国联邦航空局开始要求航空公司检查所有乘客和行李。一个鲜为人知的改变是，在所有驾驶舱门上安装窥视孔，使机组人员在舱门关闭时能观察客舱的情况。
出人意料的是，库珀的罪行为他吸引了一些狂热的信徒，他们通过歌曲、电影、文学来表达对他的感情。
为了纪念他，有人售卖与他相关的旅游纪念品。每年，在华盛顿州的艾利尔小镇，人们都会在感恩节过后举办“库珀日”，有的饭店或保龄球馆甚至举办以库珀为主题的促销活动。库珀的故事还出现在《越狱》等热门影视剧中。