西安事变和平解决后，国共第二次合作开始了新的局面。1937年4月，孔石泉奉命任西安红军联络处秘书。4月25日，周恩来带领红军前敌总指挥部副参谋长张云逸以及红军驻西安办事处秘书孔石泉等人赴西安。这次去西安有三辆大卡车，原打算4月24日一齐走，后因周恩来有要事没有处理完，其他两辆卡车由两个班护送先走了。周恩来等人乘坐的卡车在4月25日走。周恩来坐在驾驶室里，张云逸、孔石泉等20多人都坐在车厢里。为保卫周副主席的安全，中央保卫局派特务队的一个警卫班12人一同出发。
4月25日早饭后，周恩来一行出发了。孔石泉等人说说笑笑，情绪很高。因为以前长期在根据地工作，没有到过大城市，这次出去大家都感到很新鲜。但孔石泉也感到，西安是国民党省城，情况复杂，必须提高警惕。当卡车开到离延安约50多里的劳山一个拐弯处时，突然山上枪声大作，密集的子弹朝卡车射来。山路崎岖，周恩来跳下汽车，指挥大家利用地形地物就地抗击敌人。周恩来一行只有一辆卡车，武器都是短枪和手榴弹。而土匪有200多人，武器多是长枪还有机关枪，他们居高临下疯狂射击。在众寡悬殊的情况下，战士们坚决勇敢地抗击敌人。
战斗中，周恩来的警卫员刘九洲负重伤，司机的腿被打断了。副官陈有才身负重伤，忍着疼痛，指挥同志们坚持战斗，掩护周副主席突围。不久，他又中一弹，壮烈牺牲。危急时刻，周恩来当机立断，带领张云逸、孔石泉和一位新闻记者迅速插向右侧一个开阔地，到达对面山上的丛林中。土匪当时是三面包围周恩来等人，右侧有个开阔地，只有这一面没有包围。周恩来、张云逸、孔石泉等人趁机冲出了敌人的包围。这次战斗是因土匪事先得知周恩来等人的行动，在劳山险要地段设置了埋伏。后来得知，陈有才因经常跟随周恩来出入国民党军政大员官邸，身上带有周恩来的名片，穿的服装也是一样的呢子制服。当土匪从陈有才穿的服装和从身上搜出周恩来的名片时，以为谋害周恩来副主席的罪恶阴谋已经得逞，加上害怕红军派部队赶来，就仓皇撤退，没有再追击。
周恩来等人冲出包围圈，穿过一段丛林，转上了回延安的公路。这时，遇到驻在延安三十里铺听到枪声飞骑赶来救援的骑兵，使大家转危为安。周恩来命令他们派出一部分队伍赶到劳山，将阵亡的同志运回延安。党中央和毛泽东主席知道周恩来在劳山遇险后，非常焦急。直到周恩来等人安全返抵延安，大家才放下心来。1973年6月，周恩来总理陪同外宾到延安访问，谈到劳山遇险的经过时感慨地说：“我一生中曾遇到多次危险，但最危险的还是这一次。”为纪念这次脱险，在周恩来身边工作的童小鹏为周恩来、张云逸和孔石泉三人合照了一张照片。张云逸之子张远之曾说：“父亲和周恩来、孔石泉大难不死，三人回到西安后还专门留了张合影。1976年周恩来逝世前，贴身口袋里唯一装着的就是这张珍贵的照片。”周恩来还在照片背面写了几个字：“劳山遇险，仅存三人。”他曾风趣地对张云逸和孔石泉说：“我们不仅是战友，还是难友啊！”
孔石泉与险象环生的“四一”事件1938年8月，武汉失守，中国的抗战进入最黑暗、最艰难的战略相持阶段。武汉八路军办事处秘书孔石泉主动提出让自己到最艰苦的前线部队去工作的要求。经周恩来同意，当年11月，孔石泉被任命为新四军第6支队第1总队政委，从此活跃在抗战烽火第一线。新四军第6支队第1总队前身是一支群众自发组织起来的抗日武装。部队刚改编不久，人员良莠不齐，纪律不严。孔石泉就任政委后，和总队长鲁雨亭紧密携手、相互配合，以极大精力抓部队的整顿和训练，很快部队面貌一新，军政素质显著提高。
1940年2月，日军出动千余人，在两辆坦克掩护下气势汹汹地进攻芒砀山区革命根据地。1总队与敌展开激战，敌伤亡惨重，被迫退却。3月中旬，敌人再次进行“扫荡”。
孔石泉、鲁雨亭率领第1总队以巍巍芒砀山为依托，纵横驰骋，打击敌伪。在不到半个月的时间里，就毙伤日寇佐野联队长、北山大尉以下日伪军1500余人。一向骄横跋扈的日军在芒砀山麓连连损兵折将，气急败坏，遂纠集3000余名日军，数千名伪军，于1940年3月底开始对芒砀山区进行报复性“扫荡”，妄图一举歼灭我第1总队。
敌军在完成了对芒砀山的包围之后，，于4月1日清晨向驻该地的我第1总队发动进攻。山城集四周炮声隆隆，硝烟滚滚。孔石泉、鲁雨亭决定避开敌锋芒，跳出包围圈，到外线与敌作战，并命令分驻附近村庄的1团和2团与总队部协同作战，有计划地向山外转移。随后，孔石泉、鲁雨亭率总队部、特务连、侦察连和2团之一部离开山城集，沿王引河向南转移。刚到李黑楼东南侧，突遭占据王枣园的日军主力一部的猛烈阻击，部队被压在河床上。总队长鲁雨亭、参谋长许遇之、参谋张卫民等6人先后负重伤。紧要关头，警卫连副连长葛庆之趁敌炮击稍缓之际，抱起一挺机枪，冲出掩体，向敌机枪火力点猛烈扫射，敌人的火力点被打哑。鲁雨亭率部队乘机迅速冲出河床，抢占了河西岸的李黑楼村。
李黑楼是芒砀山西南脚下一个不大的村庄，但四周有寨墙、寨壕和四通八达的“抗日沟”。村东南有一小石桥，是出入该村的要塞。孔石泉、鲁雨亭部署部队暂守李黑楼。鲁雨亭亲自带部分兵力守卫村东南，并派参谋朱浩带5名战士占领小石桥，构成阻击敌人的前沿阵地。孔石泉率部防守村北，参谋鲁健率2团2连守卫村西南角，遭北面敌人围堵也撤至李黑楼村内的萧县洪河大队守卫村西北角，配合作战。孔石泉、鲁雨亭部刚进入阵地，日军即向李黑楼扑来，第1总队官兵陷入十倍敌人的包围中。午后，敌集中炮火猛轰李黑楼前沿阵地，步兵从西南、东南两面发起进攻。守卫村西南前沿阵地的1总队2团2连一度被压下阵地，但他们又拼死夺回。坚守村东南小石桥的6名战士与2连构起交叉火力网，打退了敌人几次进攻。在援兵不到、进村通道又被打开的情势下，孔石泉、鲁雨亭激励战士说：“同志们！我们一定要坚守阵地，决不能让敌人再前进一步！当年我抛家弃官，同志们离家别亲，不就是为了抗日打鬼子吗？现在能真正打鬼子了，我们一定要狠狠打！人在阵地在，就是死在这里，也不能丢掉阵地！”指战员们顿时群情激昂，夺回了小石桥阵地。